En liga tampoco marcharon del todo bien las cosas, a pesar de haber estado luchando por la Liga Europa de la UEFA hasta el último momento. En la temporada 1998/99 el Athletic participó por 4.ª vez en la Copa de Europa, rebautizada como Liga de Campeones. En cuanto el árbitro pitó el final se desató la euforia en San Mamés, el Athletic cumplió sus 100 años de historia proclamándose Subcampeón de Liga y logrando la clasificación para la Liga de Campeones.
