Debido a las obras de remodelación del Estadio de la Cerámica, el club disputó cuatro de las seis primeras jornadas fuera de casa, cosechando dos triunfos, un empate y tres derrotas en esos partidos, lo que llevó a la sustitución del entrenador, dando entrada a Javi Calleja. Los amarillos derrotaron al equipo oscense en El Madrigal (2-0) y pasaron a octavos de final, viéndose las caras con el Athletic Club y siendo eliminados tras perder en el Estadio de San Mamés (3-2) y en El Madrigal (0-1). Sin embargo, la campaña en Liga no pudo ir mejor y el Villarreal encadenó seis triunfos seguidos, ante Rayo Vallecano (2-1), Real Madrid (1-0), Real Sociedad (0-2), Valencia C. F. (1-0), Deportivo de La Coruña (1-2) y Sporting de Gijón (2-0), finalizando la primera vuelta en cuarta posición.
