Durante esos primeros años empiezan en el club su carrera como entrenadores dos antiguos futbolistas que pasaron por sus filas: Vicente del Bosque y Rafa Benítez. «Equipos B en Segunda: 12 filiales que llegaron a lo más alto». Sin embargo, segunda equipacion psg no logra recuperar su antiguo escudo bajo la dirección del nuevo presidente Francisco Moreno Cariñena. En la Liga de Campeones 2008-09 enfrentó al Anorthosis Famagusta, al Panathinaikos y al Werder Bremen, obteniendo el segundo lugar en la fase de grupos y quedó nuevamente eliminado (por tercer año consecutivo) en los octavos de final pero esta vez a manos del Manchester United quien ganó por un global de 2:0. Ibra marcó un solo gol en la competición y jugó ocho partidos.
